En 2005 recibe el Premio Nacional de Ciencias por sus condiciones de científico integral, con resultados profundos y de alto impacto en disciplinas como la Física, Matemáticas y Química, incluyendo la mecánica cuántica, ecuaciones en derivadas parciales no lineales, geometría espectral y en análisis matemático del movimiento browniano.
El Premio es también reconocimiento a su labor docente. Desde 1990 se desempeña como académico en la Pontificia Universidad Católica de Chile y más de cinco mil alumnos han pasado por sus clases.
En 2007 recibe el Premio Nacional de Ciencias Exactas por sus 40 años dedicado al desarrollo de la Física en el país, su rol como formador de nuevos doctores en el área y el gran impacto de sus investigaciones en la física de la materia condensada y el fenómeno Exchange-bias en magnetismo.
Miguel Kiwi se desempeñó como académico de la Pontificia Universidad Católica de Chile entre 1983 y el año 2012, formando a generaciones de físicos y físicas del país.